Pendidikan Islam mula diperkenalkan di universiti ini (ketika mula ditubuhkan dikenali sebagai Dewan Latihan RIDA-Institut Teknologi MARA dan kemudiannya diisytiharkan sebagai Universiti pada 26 Ogos 1999) pada 1975 di bawah Unit Pendidikan Islam. Pada 1977, kursus Tamadun Islam mula diperkenalkan sebagai kursus wajib bagi semua program di universiti. Unit tersebut dimantapkan kepada sebuah pusat pengajian, dikenali sebagai Pusat Pendidikan Islam pada 1 April 1983 dengan lebih 40 kursus pendidikan Islam diperkenalkan disamping kursus Tamadun Islam.

Pada 13 Januari 2004, Pusat Pendidikan Islam telah diisytiharkan oleh Dato Seri Naib Canselor sebagai Pusat Pemikiran dan Kefahaman Islam atau Centre for Islamic Thought and Understanding (CITU) di bawah seliaan seorang Pengarah (sekarang Rektor) dengan dibantu oleh dua Timbalan Pengarah (sekarang Timbalan Rektor) yang dipertanggungjawabkan dalam aspek akademik dan non-akademik. CITU adalah gabungan Pusat Pendidikan Islam Akademik (Hal Ehwal Akademik) dengan Pusat Khidmat Nasihat Agama Non-Akademik (Hal Ehwal Islam) di mana semua aktiviti keislaman universiti ditadbir di bawah satu bumbung di Pusat Islam universiti. Sehingga pada 28 Februari 2013, nama Pusat Pemikiran dan Kefahaman Islam telah ditukar kepada Akademi Pengajian Islam Kontemporari (ACIS).

Pada 12 Januari 2018 Majlis Eksekutif Universiti (MEU) telah bersetuju meluluskan pemurnian carta organisasi baru ACIS Kampus Cawangan di mana ACIS dikekalkan di bawah Timbalan Rektor (Hal Ehwal Akademik). Sementara Unit Pembangunan Islam / Unit Hal Ehwal Islam diletakkan di bawah Rektor.

ACIS berkeyakinan bahawa setiap insan memerlukan nilai-nilai murni sebagai unsur kesempurnaan melalui pendidikan bersepadu demi kecemerlangan hidup.

Mempelbagaikan kursus-kursus profesional dan separa profesional yang berorientasikan Islam dengan kerjasama fakulti dan agensi berkaitan.

Menggiat dan menyuburkan budaya intelektual melalui kegiatan akademik dan pelbagai aktiviti.

Mempertingkatkan kesarjanaan dan penyelidikan dengan mengadakan program-program akademik dan non-akademik yang berorientasikan Islam.

Menjadi pusat kesepaduan ilmu, pemikiran dan kefahaman Islam yang tersohor demi pembangunan ummah.